В 1938 году был уволен в запас и арестован. 8 мая 1939 года осужден по статье 58 УК РСФСР («Контр­революционные преступления») на 15 лет лишения свободы и пять лет поражения в правах. Этим же приговором он был лишен воинского звания комбрига. Наказание отбывал на Колыме. Виновным Горбатов себя не признал. После пересмотра дела весной 1941 года освобожден, восстановлен в армии на должности заместителя командира 25-го стрелкового корпуса Харьковского военного округа.

В начале Великой Оте­чественной войны служил в составе 19-й армии, переброшенной на Западный фронт под Витебск, был ранен. После выздоровления командовал 226-й стрелковой дивизией, отличился в боях под Харьковом. 25 декабря 1941 года ему присвоили звание генерал-майора и наградили орденом Красной Звезды. Воевал под Сталинградом. С июня 1943 года и до конца войны — командующий 3-й армией.

Улица Горбатова.

Именно под командованием генерал-полковника Александра Горбатова армия геройски и умело действовала в трех военных операциях по освобождению Белоруссии — Гомельско-Речицкой 1943 года, Рогачевско-Жлобинской 1944 года и Белорусской наступательной 1944 года, при освобождении Хотимска, Костюковичей, Пропойска (Славгорода), Рогачева, Минска, Новогрудка, Волковыска, Белостока, окружении и уничтожении немецких войск под Бобруйском, в форсировании Сожа, Днепра и Березины.

Благодаря Белорусской наступательной операции под кодовым названием «Багратион» в середине июля 1944 года пришла долгожданная свобода на волковысскую землю. Известный факт: Александр Горбатов планировал освободить Волковыск 11 июля, а на следующий день главные силы должны были выйти на восточный берег реки Свислочь. Однако противник оказывал яростное сопротивление, и, чтобы избежать больших потерь, Горбатов изменил первоначальное решение и приказал командиру 41-го стрелкового корпуса наступать на Моисеевичи, обходя Волковыск с запада, командиру 40-го стрелкового корпуса — обходить город с юга и юго-запада, а с востока сдерживать противника небольшими силами корпуса. К 14 июля Волковыск был освобожден.

10 апреля 1945 года А. В. Горбатов был удостоен звания Героя Советского Союза, а в июне этого же года назначен комендантом города Берлина. После войны командовал воздушно-десантными войсками, войсками Прибалтийского военного округа, был Генеральным инспектором Министерства обороны СССР. Автор книги «Годы и войны».

Меморильная доска на здании зонального центра гигиены и эпидемиологии.

Умер Александр Васильевич 7 декабря 1973 года и похоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.

Его именем названа улица в Волковыске, разделяющая микрорайоны Солнечный и Заводской и примыкающая к микрорайону Ольшимово. Здесь проживает значительная часть населения города. Напоминанием о том, чье имя носит улица сегодня, служит мемориальная доска, установленная в 2019 году на здании зонального центра гигиены и эпидемиологии.